Uppsala universitet är ett brett forskningsuniversitet med stark internationell ställning. Det yttersta målet är att bedriva utbildning och forskning av högsta kvalitet och relevans för att göra långsiktig skillnad i samhället. Vår viktigaste tillgång är alla de individer som med sin nyfikenhet och sitt engagemang gör Uppsala universitet till en av landets mest spännande arbetsplatser. Uppsala universitet har drygt 45 000 studenter, mer än 7 000 anställda och en omsättning på cirka 7 miljarder kronor.
Vill du göra skillnad under pandemin?
Vi söker en bioinformatiker med placering vid Institutionen för immunologi, genetik och patologi, Rudbecklaboratoriet, med uppdrag att utveckla bioinformatiska system och datahantering för Science for Life Laboratory faciliteten Clinical Genomics Uppsala.
Bioinformatikern kommer att driva utveckling av bioinformatiska analyser för att etablera ny avancerad genetisk diagnostik för sjukvården, med fokus på mikrobiologi. Tjänsten är en tillsvidareanställning.
Institutionen för immunologi, genetik och patologi vid Uppsala universitet har en bred forskningsprofil med starka forskargrupper inriktade på bl.a cancer, autoimmuna och genetiska sjukdomar. En av grundtankarna vid institutionen är att stimulera translationell forskning och därmed en närmare samverkan mellan medicinsk forskning och sjukvården. Forskning bedrivs inom medicinsk och klinisk genetik, klinisk immunologi, patologi, neuroonkologi, vaskulärbiologi, strålningsvetenskap samt molekylära verktyg. Delar av verksamheten är även integrerad med avdelningarna för onkologi, klinisk genetik, klinisk immunologi, klinisk patologi och sjukhusfysik vid Akademiska sjukhuset. Institutionen har undervisningsuppdrag på ett antal programutbildningar och masterprogram inom den medicinska fakulteten samt ett antal utbildningar inom teknisk-naturvetenskapliga vetenskapsområdet. Institutionen omsätter omkring 450 miljoner kronor, varav drygt hälften är externa forskningsbidrag. Antalet anställda är ca 500, varav ca 100 är doktorander, och det finns totalt över 700 verksamma i arbetsstyrkan. Läs gärna mer om institutionens verksamhet här: www.igp.uu.se.
Arbetsuppgifter
Arbetsuppgifterna definieras utifrån kompetens och intresse, men kommer framför allt fokusera på att driva utvecklingen av analyser riktade mot mikrobiologi. Detta innefattar arbete med att utveckla och validera kliniska helgenomsanalyser och databaser för SARS-CoV-2 och andra virus och bakterier. Möjligheter kommer även finnas att arbeta med parasiter och svampar. Arbetet kommer till stor del bestå i att implementera och automatisera robusta pipelines för att analysera long-read sekvensdata för kliniskt bruk, samt att ta fram system för att dela genetisk information internt och externt. Nuvarande mikrobiologiska analyser utförs till stor del med Geneious. Vi ser därför gärna sökande med erfarenhet av att använda och programmera plugins och workflows till Geneious prime.
En särskilt viktig aspekt av arbetet är samarbetet med anställda inom universitet och sjukvård och förmåga att utveckla effektiva analysmetoder för skarpa kliniska frågeställningar. Eftersom verksamheten hanterar känsliga kliniska data är frågor kring datasäkerhet viktiga. Den anställde kommer att jobba tillsammans med andra bioinformatiker, molekylärbiologer, mikrobiologer och läkare inom vår facilitet och även i nationella och internationella samarbeten.
Kvalifikationskrav
Arbetet ställer stora krav på noggrannhet, initiativkraft, samarbetsförmåga och självständighet, så stor vikt kommer att läggas vid personlig lämplighet.
Önskvärt/meriterande i övrigt
Doktorsexamen inom bioinformatik, genetik, mikrobiologi eller liknande fält. Eftersom dokumentation mot Akademiska sjukhuset sker på svenska är god förmåga att uttrycka sig på svenska i tal och skrift önskvärt. Vi ser gärna sökande med kunskap om fylogenetiska analyser, resistensbestämning, metagenomisk sekvensering och andra NGS baserade analyser inom klinisk mikrobiologi, klinisk bioinformatik eller klinisk genomik. Tidigare erfarenheter av analyser av data från long-read tekniker, såsom Oxford Nanopore är meriterande. På samma sätt värdesätter vi erfarenhet av arbete med databaser. Vi ser också gärna sökande med kunskaper om mjukvarucontainers (t.ex. Docker / Singularity) och automatiseringssystem (t.ex Stackstorm).
Lön: Individuell lönesättning.
Tillträde: Snarast enligt överenskommelse.
Anställningsform: Tillsvidareanställning, provanställning kan tillämpas.
Anställningens omfattning: 100 %.
Upplysningar om anställningen lämnas av: Malin Melin, malin.melin@scilifelab.uu.se.
Välkommen med din ansökan senast den 18 november 2021, UFV-PA 2021/3777.
Vi undanber oss erbjudanden om rekryterings- och annonseringshjälp.
Ansökan tas emot i Uppsala universitets rekryteringssystem.